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与生物信息学数据处理
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课件(本科):
01-课程简介_生物学中的数据.pdf
02_Linux系统概述.pdf
03-Linux文件系统.pdf
04-Linux命令格式_目录相关命令.pdf
05-文件内容查看与比较命令.pdf
06-文件操作命令1.pdf
07-文件操作命令2.pdf
08-文本处理命令1.pdf
09-文本处理命令2.pdf
10-帮助_进程管理_前后台相关_压缩解压缩命令.pdf
11-网络相关命令_其他命令.pdf
12-Vim编辑器1.pdf
13-Vim编辑器2.pdf
14-Vim编辑器3.pdf
15-Shell编程基础1.pdf
16-Shell编程基础2.pdf
17-Shell编程基础3.pdf
18-Shell编程基础4.pdf
19-Shell编程基础5.pdf
课件(研究生):
01-课程简介_Linux系统概述.pdf
02-生物学中的数据.pdf
03-Linux文件系统_Linux命令格式_目录相关命令.pdf
04-文件内容查看与比较命令_文件操作命令.pdf
05-文本处理命令.pdf
06-帮助_进程管理_前后台相关_压缩解压缩命令.pdf
07-网络相关命令_其他命令.pdf
08-Vim编辑器1.pdf
09-Vim编辑器2.pdf
10-Linux命令帮手_Shell特殊字符.pdf
11-Shell编程1.pdf
12-Shell编程2.pdf
13-Shell编程3.pdf
实验:
实验指导
实验报告模板
实验报告提交:8次实验放到1个PDF文件,2024.12.15前在课程网站个人中心提交,提交前需先加入自己对应的实验班级。
通用软件:
PuTTY
(下载:
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64位
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WinSCP
(
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Opera浏览器
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Chrome浏览器
火狐浏览器
(
下载
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金山打字通
Linux资源:
Bash手册
生物信息学工具:
EMBOSS
- The European Molecular Biology Open Software Suite (
使用手册
) - 生物信息学工具包
blast+
(
使用手册
) - 同源序列搜索
HMMER
(
使用手册
) - 基于隐马尔科夫模型的同源序列搜索工具
TreeView
(
下载
)- 系统发育树查看
DeepView - Swiss-PdbViewer
- 大分子三维结构查看
生物信息学资源:
NCBI
- 美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)
EMBL-EBI
- 欧洲分子生物学实验室(European Molecular Biology Laboratory,
EMBL
)下属的欧洲生物信息学研究所(Eupropean Bioinformatics Institute)
中国国家生物信息中心
UniProt
- 由
EMBL-EBI
、
SIB
和
PIR
共同维护的蛋白质序列数据库
PDB
- 蛋白质结构数据库(Protein Data Bank)
InterPro
- 蛋白质家族数据库(Classification of protein families)
EnsemblGenomes
- 基因组数据库