Linux与生物信息数据处理实验


目标
了解环境变量、管道、重定向和正则表达式的基本概念；掌握Linux基本命令，
包括文件和目录操作、压缩解压缩、进程管理、作业控制、文本编辑器vi及网络相关命令等；
了解Shell编程的特点；掌握Shell编程的变量使用方法和循环、判断控制结构；掌握Linux
环境下核酸和蛋白质序列以及基因组数据的分析和处理方法及序列格式转换方法。

要求
    1)熟练掌握常用Linux命令及其常用选项；
    2)使用Linux上传和下载文件；
    3)熟练使用管道、重定向和正则表达式；
    4)能编写简单的Shell脚本；
    5)能利用Linux命令和Shell脚本分析和处理核酸、蛋白质和基因组数据；
    6)能利用Shell脚本实现常见生物序列格式转换。

实验内容与学时分配
序号题目内容学时
1Linux常用命令（1）：基础命令文件操作命令、目录操作命令2
2Linux常用命令（2）：系统管理命令进程管理命令、压缩解压缩命令、其他命令2
3Vim编辑器的使用Vim编辑器练习2
4Shell程序设计基础（1）：变量环境变量设置、shell特殊字符、shell变量2
5Shell程序设计基础（2）：控制结构控制结构（if、case、while、until、for、break、continue、exit等）2
6Shell程序设计基础（3）：调试Shell脚本调试2
7Shell程序综合开发（1）：GFF文件处理GFF文件处理程序2
8Shell程序综合开发（2）：PubMed文献下载PubMed文献批量下载程序2