生物信息数据处理

课程简介

本节重要性：★★★☆☆ 本节难度：★☆☆☆☆

生物信息学是当今生命科学的重大前沿领域之一，其主要任务是生物信息的采集、处理、存储、传播、分析和解释等。生物信息的处理是其中重要的一环。生物信息学数据处理所用到的技术最重要、最基础的就是Linux命令，另外还有Shell脚本编程、Perl、Python、R语言等。本课程主要介绍Linux常用命令、Shell脚本编程基础及他们在生物信息处理中的应用。

课程的主要内容包括：

课程教材为《Linux与生物信息学数据处理》（讲义，解增言）。参考书推荐《鸟哥的Linux私房菜》（基础学习篇）。

考核方式：

课程考核分两部分：平时成绩和期末考试成绩，其中平时成绩占60%，期末考试占40%，为闭卷考试。

平时成绩(100 x 60%)：

雨课堂（预习、签到、练习等）: 20分
课堂作业（Linux服务器自动检查）: 2分 X 10 = 20分
课后作业（Linux服务器自动检查）: 2分 X 10 = 20分
课堂测验（第2、3、4章结束及期末）: 5分 X 4 = 20分
本网站（练习部分）: 10分
学银慕课（学习通）（教学视频、讨论、提问等）: 10分
出勤: -2分 X 缺课次数
附加任务：教材找错（每处错误确认后+1分，第一个找到的同学有效，最高至平时成绩满分）

期末考试(100 x 40%)：

单选题: 1分 X 30 = 30分
多选题: 1分 X 10 = 10分
填空题: 1分 X 20 = 20分
简答题: 10分 X 4 = 40分

课程进度安排（生物信息学2023级本科，48学时）：

课次	周次	周几	日期	内容	课堂作业	课后作业
1	1	二	9.9	课程简介；第1章生物学中的数据
2	1	五	9.12	第2章 Linux简介
3	2	二	9.16	第3章 Linux文件系统
4	3	二	9.23	第4章 Linux命令：Linux命令格式、目录操作命令	CW1
5	3	五	9.26	第4章 Linux命令：文件内容查看与比较命令
6	3	日	9.28	第4章 Linux命令：文件操作命令cp、mv、rm、ln、touch		HW1
7	4	二	9.30	第4章 Linux命令：文件操作命令chown、chmod、locate、find 、file、stat	CW2	HW2
8	5	五	10.10	第4章 Linux命令：文本处理命令grep、sort、uniq、wc、cut、paste		HW3
9	6	二	10.14	第4章 Linux命令：文本处理命令sed、tr、 awk、perl	CW3
10	7	二	10.21	第4章 Linux命令：帮助命令、进程管理命令、压缩/解压缩命令	CW4	HW4
11	7	五	10.24	第4章 Linux命令：网络相关命令、其他命令	CW5	HW5
12	8	二	10.28	第5章 Vim编辑器：Vim简介、工作方式、进入和退出、插入和命令模式转换方法；Vim光标移动方法、常用VI命令
13	9	二	11.4	第5章 Vim编辑器：常用Vim编辑命令、命令组合	CW6
14	9	五	11.8	第5章 Vim编辑器：Vim缓存寄存器、ex命令、Vim多文件编辑、Vim设置	CW7	HW6
15	10	二	11.11	第6章 Linux命令帮手
16	11	二	11.18	第7章 shell特殊字符	CW8	HW7
17	11	五	11.21	第8章 shell编程：shell变量	CW9	HW8
18	12	二	11.25	第8章 shell编程：运算、控制结构、函数	CW10	HW9
19	13	二	12.2	第8章 shell编程：作业控制、Shell内置命令、Shell脚本调试		HW10
20	13	五	12.5	第10章 Linux在生物信息学中的应用；第11章生物信息学公共数据库数据下载
21	14	二	12.9	第12章生物数据格式转换
22	15	二	12.16	第13章同源序列分析；第14章蛋白质理化性质分析
23	15	五	12.19	第15章系统发育树构建
24	16	二	12.23	复习、讨论

课程进度安排（生物信息学2024级本科，32学时）：

课次	周次	周几	日期	内容	课堂作业	课后作业
1	1	五	9.12	课程简介；第1章生物学中的数据
2	2	五	9.19	第2章 Linux简介；第3章 Linux文件系统
3	3	五	9.26	第4章 Linux命令：Linux命令格式；目录操作命令；文件内容查看命令。	CW1	HW1
4	5	五	10.10	第4章 Linux命令：文件操作命令	CW2	HW2
5	6	五	10.17	第4章 Linux命令：文本处理命令	CW3	HW3
6	7	五	10.24	第4章 Linux命令：帮助命令；进程管理命令；压缩/解压缩命令	CW4	HW4
7	8	五	10.31	第4章 Linux命令：网络相关命令；其他命令	CW5	HW5
8	9	五	11.7	第5章 Vim编辑器1（Vim编辑器简介；Vim编辑器的进入与退出；Vim编辑器的模式；光标移动命令；文本删除命令；文本修改命令）	CW6
9	10	五	11.14	第5章 Vim编辑器2（文本复制命令；文本合并命令；撤销与恢复命令；重复命令；组合命令；Vim缓存寄存器；ex模式；常用Vim设置）	CW7	HW6
10	11	五	11.21	第6章 Linux命令帮手；第7章 shell特殊字符1（通配符、正则表达式）		HW7
11	12	五	11.28	第7章 shell特殊字符2（引号、转义符与路径符、输入输出重定向、注释和后台命令、命令组合符、成组命令）	CW8	HW8
12	13	五	12.5	第8章 Shell编程1（Shell简介、Shell变量，包括自定义变量、Shell预定义变量、位置变量、环境变量）	CW9	HW9
13	14	五	12.12	第8章 Shell编程2（Shell的算术运算；控制结构、函数和作业控制；Shell内置命令；Shell脚本调试方法）	CW10	HW10
14	15	五	12.19	Linux在生物信息学中的应用：实例1：生物信息学公共数据库数据下载；实例2：生物数据格式转换；实例3：同源序列分析
15	16	五	12.26	Linux在生物信息学中的应用：实例4：蛋白质理化性质分析；实例5：系统发育树构建
16	4	五	放假	复习、讨论

课程进度安排（生物学2025级研究生，32学时）：

课次	周次	周几	日期	内容	课后作业
1	2	四	9.18	课程简介；第1章生物学中的数据
2	3	四	9.25	第2章 Linux简介；第3章 Linux文件系统
3	5	四	10.9	第4章 Linux命令：Linux命令格式；目录操作命令；文件内容查看命令。	HW1
4	6	四	10.16	第4章 Linux命令：文件操作命令	HW2
5	7	四	10.23	第4章 Linux命令：文本处理命令	HW3
6	8	四	10.30	第4章 Linux命令：帮助命令；进程管理命令；压缩/解压缩命令	HW4
7	9	四	11.6	第4章 Linux命令：网络相关命令；其他命令	HW5
8	10	四	11.13	第5章 Vim编辑器1（Vim编辑器简介；Vim编辑器的进入与退出；Vim编辑器的模式；光标移动命令；文本删除命令；文本修改命令）
9	11	四	11.20	第5章 Vim编辑器2（文本复制命令；文本合并命令；撤销与恢复命令；重复命令；组合命令；Vim缓存寄存器；ex模式；常用Vim设置）	HW6
10	12	四	11.27	第6章 Linux命令帮手；第7章 shell特殊字符1（通配符、正则表达式）
11	13	四	12.4	第7章 shell特殊字符2（引号、转义符与路径符、输入输出重定向、注释和后台命令、命令组合符、成组命令）	HW7
12	15	四	12.11	第8章 Shell编程1（Shell简介、Shell变量，包括自定义变量、Shell预定义变量、位置变量、环境变量）	HW8
13	14	四	12.18	第8章 Shell编程2（Shell的算术运算；控制结构、函数和作业控制；Shell内置命令；Shell脚本调试方法）	HW9
14	16	四	12.25	Linux在生物信息学中的应用：实例1：生物信息学公共数据库数据下载；实例2：生物数据格式转换；实例3：同源序列分析	HW10
15	17	四	1.1	Linux在生物信息学中的应用：实例4：蛋白质理化性质分析；实例5：系统发育树构建
16	4	四	放假	复习、讨论

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