1. Linux文件
与Windows不同，Linux下的一切（包括设备等）都是以文件的形式存在。这些文件包括普通文件（文本文件、可执行文件、压缩文件等）、目录文件（简称目录，在Windows下我们称为文件夹，其实是类似的东西）、设备文件（如光驱/dev/cdrom）、链接文件（相等于Windows下的快捷方式），可以使用file命令查看Linux文件的类型。
Linux下文件的命名很有讲究，有人喜欢用1.txt，2.txt这样命名，实际上这种习惯很不好，很难判断文件的内容是什么。Linux下文件命名要注意以下几方面：
首先，Linux文件命名：
- 区分大小写
- 不能以 “+”或者“-”开头
- 最长文件名：256个字符
- 一般包含：字母、数字、.、_ 和 -（可以用其他一些字符，但不推荐使用）
- 不包含以下字符：* ? > < / ; $ \ ’ "
- 可以包含空格，但不建议使用
- 如果文件名第一个字符是.（点），则该文件为隐藏文件
其次，文件名应能体现文件的内容，如human_genome_protein.fasta表示文件的内容是人类基因组的蛋白质序列。有人可能担心文件名太长敲起来太麻烦，其实完全不用担心，后面我们讲到命令行编辑的时候您就明白了，Linux有简单的方法可以自动把文件名补齐。
最后，文件名后缀表示文件类型，这个主要是给人看的，修改后并不影响软件打开。如上面的文件是普通的文本文件，使用cat、more或less等命令可以查看文件的内容，如果把文件名改成human_genome_protein.txt，再用这些命令打开时完全一样。但是如果用fasta做文件名后缀，我们就知道文件内容的格式是Fasta格式（前面我们已经介绍过这种最常用的序列格式）。
Linux下使用ls –l命令可以查看当前目录下文件的详细信息，这些信息包括文件的种类和权限、文件硬链接的个数（关于硬链接和软连接我们后面会详细讲）、文件的属主及所归属的组、文件的大小、最后访问或修改的时间、文件名。
文件类型：上图中的第一列信息，d表示目录（文件），-表示普通文件，l表示软连接，p表示管道文件。
文件权限：上图中的第2-10列信息，共9个字符，分为三组，左边3个字符表示所有者权限，中间3个字符表示与所有者同一组的用户的权限，右边3个字符是其他用户的权限。这些字符代表的权限的意义如下：
- r(Read，读取)：对文件而言，具有读取文件内容的权限；对目录来说，具有浏览目录的权限。
- w(Write,写入)：对文件而言，具有新增、修改文件内容的权限；对目录来说，具有删除、移动目录内文件的权限。
- x(eXecute，执行)：对文件而言，具有执行文件的权限；对目录来说该用户具有进入目录的权限。
- －：表示不具有该项权限。
硬链接个数：一个文件可以有多个硬链接，相当于一个人可以有多个名字，喊任何一个名字都可以找到这个人。关于硬链接和软链接（符号链接）的更详细的介绍请参考ln命令和扩充学习的inode一节。
属主：也就是这个文件属于哪个用户。
所属的组：这个文件属于哪个用户组。
大小：文件的大小，如果是目录，则显示的是一个硬盘块（block）的大小，因为存放目录信息只需要一个硬盘块，如上图显示的4096。如果要显示一个目录（包含里面的文件或目录）的实际大小，可以使用命令：du -s 目录名。
文件名：文件名的颜色表示文件类型，如Fedora或CentOS下默认的蓝色表示目录、浅蓝色表示软链接、黑色的是普通文本文件。
2. Linux目录结构
Linux的目录结构是倒立的树状，最上面是树根。
/：根目录，整个文件系统层次结构的最上层目录。
/bin：需要在单用户模式可用的必要命令（可执行文件）；面向所有用户，例如：cat、ls、cp，和/usr/bin类似。
/boot：包含引导程序文件，例如：kernel、initrd；时常是一个单独的分区
/dev：必要的设备，如/dev/null
/etc：系统配置文件
/home：其中包含除root用户外所有用户的主目录（家目录），一般为单独的分区。
/lib：/bin/与/sbin/中二进制文件所需的库文件。
/media：可移除媒体(如CD-ROM)的挂载点 (在FHS-2.3中出现)。
/lost+found：在EXT3文件系统中，当系统意外崩溃或机器意外关机，会产生一些文件碎片在这里。当系统在开机启动的过程中fsck工具会检查这里，并修复已经损坏的文件系统。当系统发生问题。可能会有文件被移动到这个目录中，可能需要用手工的方式来修复，或移到文件到原来的位置上。
/mnt：临时挂载的文件系统。比如cdrom,u盘等，直接插入光驱无法使用，要先挂载后使用。
/opt：可选应用软件包。
/proc：虚拟文件系统，将内核与进程状态归档为文本文件（系统信息都存放这目录下）。例如：uptime、 network。在Linux中，对应Procfs格式挂载。该目录下文件只能看不能改（包括root）。
/root：超级用户的主目录（家目录）。
/sbin：必要的系统二进制文件，例如： init、 ip、 mount。sbin目录下的命令，普通用户都执行不了。
/srv：站点的具体数据，由系统提供。
/tmp：临时文件(参见 /var/tmp)，在系统重启时目录中文件不会被保留。
/usr：曾经是用户的家目录，现在用户家目录被home取代，usr用来专门存放各种程序和数据，默认软件都会存于该目录下。用于存储只读用户数据的第二层次；包含绝大多数的(多)用户工具和应用程序。usr是Unix System Resource的缩写。
/var：变量文件——在正常运行的系统中其内容不断变化的文件，如日志，脱机文件和临时电子邮件文件。有时是一个单独的分区。如果不单独分区，有可能会把整个分区充满。如果单独分区，给大给小都不合适。
（参考内容）
3. 文件系统
文件系统是操作系统用于明确存储设备（如磁盘）或分区上的文件的方法和数据结构，即在存储设备上组织文件的方法。常用的文件系统有FAT、NTFS、EXT等。
文件系统类型 支持最大容量 支持分区大小 支持单文件大小 FAT16 2GB 2GB FAT32 2TB 128GB 4GB NTFS 8TB 2TB 2TB EXT2 16TB 2TB 2TB（块大小为4096时） EXT3 64TB 16TB 4TB（块大小为4096时） EXT4 4EB 1EB 16TB(块大小为4096时） 注：1EB=1024TB，1TB=1024GB，1GB=1024MB，1MB=1024KB，1KB=1024B
目前，安装Linux默认的文件系统为EXT4，EXT是 GNU/Linux 系统中标准的文件系统，其特点为存取文件的性能极好，对于中小型的文件更显示出优势，这主要得利于其簇快取层的优良设计。另外还需要一个SWAP分区（类似于Windows的虚拟内存）。
4. 路径
Linux下操作一个文件（包括目录，Linux把目录也看成是文件，成为目录文件）时，需要把文件的路径告诉系统。
跟表示路径相关的符号：
/ 跟在一个名字后，表示其为目录，如果只有/，则表示根目录 . 表示当前目录 .. 表示上一级目录 ~ 表示当前用户的家目录
表示路径有两种方法：绝对路径和相对路径。
绝对路径：从根目录开始的完整的路径，如：
/usr/local/bin/clustalw2 /home/xiezy/genome
相对路径：相对于某个位置表示的路径，分两种情况：
（1）相对于当前目录，如：
./fasta_parser.pl #当前目录下的fasta_parser.pl文件 ../pfam #上一层目录下的pfam
（2）相对于用户的家目录，如：
~/bin/fasta_split.pl #当前登录用户家目录中bin目录下的fasta_split.pl文件