日常的生物信息学数据处理的任务，基本上都可以利用Linux命令和shell编程完成。简单的任务使用Linux命令，稍复杂点的再用Linux命令+不同的选项，再复杂点的就用管道把不同的命令（包括选项）组合起来，还解决不了的就用shell脚本。如果只是简单的判断循环，在命令行里就可以完成。因此，熟练掌握Linux命令和shell编程，使用shell命令行，就可以完成大部分的生物信息学日常数据处理任务。
前面的学习中，我们已经接触过一些简单地生物信息学数据处理任务。下面再给出一个数据处理中经常会碰到的任务。
[peter@ibi98 example]$ cat animal_qiang dog chicken sheep cat [peter@ibi98 example]$ cat animal_ming dog cow cat pig [peter@ibi98 example]$ for i in `cat animal_qiang`;do grep $i animal_ming;done dog cat
上例中，文件animal_qiang是小强养的动物，文件animal_ming是小明养的动物，任务是找出两个人养的相同的动物。我们利用for循环，每次取出文件animal_qiang的一行，保存到变量i，再到文件animal_ming中查找包含变量i的值的行，这样就可以把共同的动物找出来。
但如果小明养的是小狗，文件animal_ming的内容是：
[peter@ibi98 example]$ cat animal_ming
doggie
cow
cat
pig
再用上面的循环结果就不是预想的：
[peter@ibi98 example]$ for i in `cat animal_qiang`;do grep $i animal_ming;done
doggie
cat
这时可将命令改为：
[peter@ibi98 example]$ for i in `cat animal_qiang`;do grep "^$i$" animal_ming;done
cat
在$i的前面和后面分别加一个行首（^）和行尾（$）的符号，从而保证精确查找。
更复杂一点的情况，在动物名后还有数量，如果动物名和数量之间是制表符分割，可以将上面的行尾符号换成制表符。
[peter@ibi98 example]$ cat animal_qiang dog 1 chicken 20 sheep 5 cat 2 [peter@ibi98 example]$ cat animal_ming doggie 3 cow 4 cat 1 pig 10 [peter@ibi98 example]$ for i in `cat animal_qiang |cut -f1`;\ do grep "^$i " animal_ming;done cat 1
上面的任务也可以用while循环实现：
[peter@ibi98 example]$ cat animal_qiang |cut -f1 |while read i;\
do grep "^$i " animal_ming;done
cat 1
注意在命令行输入制表符时，需要先按Ctrl+v，然后再按Tab键。如果直接按Tab键，就是命令行补齐，是没法输入制表符的。
在生物信息学数据处理中，也会有类似的任务，如处理BLAST输出的表格格式的结果（BLAST中blastall命令的-m 8选项和BLAST+中blastp命令的-outfmt 6选项）时，可将上述命令稍作修改使用。
后面的几节内容，我们将学习几个Linux命令和shell编程在生物信息学数据处理中实际应用的例子。