zcat的作用于cat类似,只不过显示的是压缩文件(gzip格式或zip格式)的内容。
显示压缩文件内容
zcat [option] [zipfile]
-t 测试模式。
zcat命令主要有三种用法:
1. 显示压缩文件内容。
[peter@ibi98 ~]$ ls /home/pub/seq/ at_LEC1_CDS.fa at_protein.fa.gz at_LEC1_protein.fa.gz cr_HAP3_CDS.fa TAIR9_cds_20090619 TAIR9_pep_20090619.gz [peter@ibi98 seq]$ zcat /home/pub/seq/at_LEC1_protein.fa.gz >AT1G21970 At_NM_102046 gi|42562232|ref|NP_173616.2| LEC1 (LEAFY COTYLEDON 1); transcription factor [Arabidopsis thaliana] MERGAPFSHYQLPKSISELNLDQHSNNPTPMTSSVVVAGAGDKNNGIVVQQQPPCVAREQDQYMPIANVI RIMRKTLPSHAKISDDAKETIQECVSEYISFVTGEANERCQREQRKTITAEDILWAMSKLGFDNYVDPLT VFINRYREIETDRGSALRGEPPSLRQTYGGNGIGFHGPSHGLPPPGPYGYGMLDQSMVMGGGRYYQNGSS GQDESSVGGGSSSSINGMPAFDHYGQYK
2. 解压缩文件。
[peter@ibi98 ~]$ ls flower lily prac test test_eof [peter@ibi98 ~]$ zcat /home/pub/seq/at_LEC1_protein.fa.gz >at_LEC1_protein.fa [peter@ibi98 ~]$ ls at_LEC1_protein.fa flower lily prac test test_eof
关于使用zcat解压缩文件,我们在后面压缩与解压缩命令中还会进一步学习。
3. 处理压缩文件时,放在管道的开头,给后面的命令提供数据,如:
[peter@ibi98 ~]$ zcat /home/pub/seq/at_LEC1_protein.fa.gz |grep 'NN'
MERGAPFSHYQLPKSISELNLDQHSNNPTPMTSSVVVAGAGDKNNGIVVQQQPPCVAREQDQYMPIANVI
zcat适用于gzip或zip压缩的文件(后缀分别是gz和zip)。如果压缩文件使用bzip2压缩的(后缀一般是bz2),可以使用bzcat命令,其使用方法与zcat完全一样。
这样的好处是可以直接处理压缩文件,而不必先解压再处理。比较大的文件在Linux大多是以压缩文件的形式存放的,这样可以节省大量的存储空间,同时处理的时候也可以和处理没压缩的文件一样方便。