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zcat命令

本节重要性:★★★☆☆    本节难度:★★★★☆

zcat的作用于cat类似,只不过显示的是压缩文件(gzip格式或zip格式)的内容。

命令用途

显示压缩文件内容

命令格式

zcat [option] [zipfile]

常用选项

-t	测试模式。

常见用法

zcat命令主要有三种用法:

1. 显示压缩文件内容。

[peter@ibi98 ~]$ ls /home/pub/seq/
at_LEC1_CDS.fa  at_protein.fa.gz  at_LEC1_protein.fa.gz  cr_HAP3_CDS.fa  TAIR9_cds_20090619
TAIR9_pep_20090619.gz
[peter@ibi98 seq]$ zcat /home/pub/seq/at_LEC1_protein.fa.gz
>AT1G21970 At_NM_102046 gi|42562232|ref|NP_173616.2| LEC1 (LEAFY COTYLEDON 1);
transcription factor [Arabidopsis thaliana]
MERGAPFSHYQLPKSISELNLDQHSNNPTPMTSSVVVAGAGDKNNGIVVQQQPPCVAREQDQYMPIANVI
RIMRKTLPSHAKISDDAKETIQECVSEYISFVTGEANERCQREQRKTITAEDILWAMSKLGFDNYVDPLT
VFINRYREIETDRGSALRGEPPSLRQTYGGNGIGFHGPSHGLPPPGPYGYGMLDQSMVMGGGRYYQNGSS
GQDESSVGGGSSSSINGMPAFDHYGQYK

2. 解压缩文件。

[peter@ibi98 ~]$ ls
flower  lily  prac  test  test_eof
[peter@ibi98 ~]$ zcat /home/pub/seq/at_LEC1_protein.fa.gz >at_LEC1_protein.fa
[peter@ibi98 ~]$ ls
at_LEC1_protein.fa  flower  lily  prac  test  test_eof

关于使用zcat解压缩文件,我们在后面压缩与解压缩命令中还会进一步学习。

3. 处理压缩文件时,放在管道的开头,给后面的命令提供数据,如:

[peter@ibi98 ~]$ zcat /home/pub/seq/at_LEC1_protein.fa.gz |grep 'NN'
MERGAPFSHYQLPKSISELNLDQHSNNPTPMTSSVVVAGAGDKNNGIVVQQQPPCVAREQDQYMPIANVI

zcat适用于gzipzip压缩的文件(后缀分别是gz和zip)。如果压缩文件使用bzip2压缩的(后缀一般是bz2),可以使用bzcat命令,其使用方法与zcat完全一样。

这样的好处是可以直接处理压缩文件,而不必先解压再处理。比较大的文件在Linux大多是以压缩文件的形式存放的,这样可以节省大量的存储空间,同时处理的时候也可以和处理没压缩的文件一样方便。

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